La forma mas sencilla de hacer esto es usar un contador y concatenar el numero al nombre del archivo. Si bien sencillo, se me ocurrió consultar por si se conocían alguna propuesta mejor.

Como siempre, hubo muchas propuestas diferentes, con muchos enfoques interesantes. Como me gustaron varias, pero quería probar eficiencia de cada propuesta, me pareció que podía ser de interés usar el modulo timeit para medir el tiempo que le tomaba a cada propuesta procesar un mismo numero de veces. De paso, aprendía a usar dicho modulo.

Arme un notebook de ipython, que les dejo enlazado con todos los métodos comparados, y de paso, encontré un cruce entre timeit y matplotlib, muy fácil de usar llamado timeit_plot. Algunos ejemplos de uso están al final del mismo notebook que les comenté.

Al fina de todo, me termine quedando con la idea original del contador :), pero bueno, lo aprendido en el andar valió la pena.